Omstreeks 1990 kreeg het Bonnefanten de mogelijkheid tot nieuwbouw van het museum op 'Céramique', een voormalig industrieterrein pal aan de Maas tegenover de oude binnenstad van Maastricht. Om voor deze locatie een uitmuntend gebouw te realiseren werd de vooraanstaande Italiaanse architect Aldo Rossi benaderd, die (in de woorden van toenmalig museumdirecteur Van Grevenstein) "grote beeldende inventiviteit koppelde aan een terughoudende vormentaal".
De nieuwbouw kwam tot stand in opdracht van de Provincie Limburg, en ging in maart 1995 open voor het publiek.
Voor Rossi toonde het museum het belang aan van openbare gebouwen voor de identiteit van de stad. Samen met het speelse onderzoek naar het typologische fundament van dit gebouw gaf hij dat idee vorm in enkele prenten en de tekst Verlust der Mitte. Over de filosofische en symbolische duiding van het gebouw schreef cultuurfilosoof Guido Goossens het boek 'Bonnefantenmuseum Het gebouw' (2007). Dit boek is te verkrijgen via de webshop en in de museumshop.
Het gebouw ligt aan de Maas in het architecturaal interessante stadsdeel Céramique en schittert aan de skyline van Maastricht. De met zink beklede koepeltoren van het museum (cupola) en de beroemde Treppenstraße (trapstraat) die naar de tentoonstellingsruimten leidt, zijn de absolute blikvangers.








